该游戏为动作闯关类游戏，承接上一集的故事情节，三年前在《恐龙危机1》中历劫归来、负责研究“第三能源”的卡克博士这次获得政府的支持继续进行研究工作，并设置一座小型人工城市，但不幸的事继续降临在卡克博士身上，一整座人工城市竟然凭空消失，取而代之的却是一片寂静的史前丛林……在这突如其来的奇异状况下，蕾吉娜只好与新伙伴迪兰再度踏上找寻博士的旅程。 平静的湖面上，一道霹雳闪过之后，时空之门被打开了，一艘特种部队的小艇横空出现，去寻找古世纪恐龙复活的真相。夜晚林中露营时，遭遇群恐龙袭击，正绝望时，群龙纷纷掉头逃走，原来此时出现一超级霸王龙，射击、喊叫、撕咬、爆炸、追逐、逃亡……